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Dans certains cas, les biologistes moléculaires ont confirmé la les tissus analysés, en particulier parmi le patients décédés pré-
présence dans certains sites extra-pulmonaires de virus SARS- cocement (14 cas sur 17, soit dans plus de 82 % des cas). Parmi
CoV-2 capables de se répliquer en réussissant à l’isoler dans des les patients des groupes moyen et tardif, la présence d’ARN sous-
cultures cellulaires. génomiques a été respectivement détectée chez environ 61% et 42%
des cas.
Enfin, chez six individus, les biologistes ont étudié la diversité
génétique des virions SARS-CoV-2 en utilisant l’amplification du Le virus a été isolé dans les cultures cellulaires de nombreux sites
génome viral et le séquençage génomique. Les cas autopsiques ont pulmonaires et extra-pulmonaires, parmi lesquels le poumon, les
été classés en précoces, moyens ou tardifs, selon que le décès est bronches, les fosses nasales (cornets nasaux), le cœur, les gangli-
intervenu après le début des symptômes dans un délai inférieur à 14 ons lymphatiques intra-thoraciques, l’intestin grêle et les glandes
jours, entre 15 et 30 jours plus tard ou après le 31e jour. surrénales chez les cas décédés dans les sept premiers jours après le
début des symptômes.
Le virus SARS-CoV-2 a été détecté dans chacun des 44 cas au-
topsiques analysés et dans 75 localisations anatomiques sur les 85 Compartimentalisation génétique entre les sites pulmonaires et ex-
étudiées. La charge virale la plus élevée a été détectée dans l’ap- tra-pulmonaires
pareil respiratoire des cas précoces, tout en étant à un haut niveau
dans chacun des tissus analysés chez de nombreux patients décédés Les biologistes moléculaires ont analysé les séquences génomiques
précocement. Globalement, la charge virale était moins importante codant la protéine spike présentes dans 46 tissus provenant de 6 in-
chez les patients du groupe moyen et plus encore de ceux du groupe dividus. Il ressort que les populations virales ayant disséminé chez
tardif. Même dans ce dernier groupe, une persistance à bas niveau ces patients étaient relativement homogènes, sans changement dans
de l’ARN viral a été détectée dans de nombreux tissus chez tous les codons de la protéine spike. Cela dit, les chercheurs ont remar-
les patients, et ce bien que le virus soit demeuré indétectable dans qué chez certains patients du groupe précoce une diversité intra-in-
le plasma. dividuelle.

Persistance de l’ARN viral de longue durée Ainsi, chez un individu, des différences génétiques notables ont été
observées dans les virus résidant dans les poumons et ceux présents
Les chercheurs soulignent que l’ARN du SARS-CoV-2 a été dé- dans le cerveau. Une mutation (D80F) a été détectée dans 31 échan-
tecté dans le cerveau des six individus décédés tardivement. Chez tillons pulmonaires analysés mais dans aucune des séquences virales
cinq d’entre eux, le virus était présent dans la plupart des régions détectées au niveau du cerveau. Parmi celles-ci, certaines étaient en
cérébrales analysées, notamment chez un patient décédé 230 jours revanche porteuses d’une mutation (G1219V), absente dans d’au-
après le début des symptômes. tres tissus. Chez un autre individu, alors que 4 525 séquences de
la protéine spike analysées étaient identiques, une mutation a été
Chez 43 des 44 cas autopsiques, l’ARN viral a été détecté dans le préférentiellement détectée dans des sites extra-pulmonaires, no-
tissu respiratoire. Il a été trouvé dans le tissu cardiovasculaire dans tamment dans les ventricules cardiaques et les ganglions lympha-
35 cas sur 44, dans le tissu lymphoïde dans 38 cas, dans le tissu tiques intra-thoraciques.
de l’appareil reproducteur dans 17 cas, dans le muscle, la peau et
le tissu nerveux périphérique dans 30 cas, dans le tissu oculaire et Ces résultats suggèrent qu’il existe chez certains individus une «
d’humeurs dans 22 cas et dans le tissu cérébral dans 10 des 11 cas compartimentalisation génétique » entre les sites pulmonaires et
analysés. non pulmonaires (dont le cerveau), autrement dit une réplication
indépendante du virus dans ces sites. De rares études antérieures
Les chercheurs rapportent avoir par ailleurs détecté les ARN sous- avaient déjà rapporté une diversité intra-individuelle de bas niveau.
génériques (ARNsg), indicateurs d’une réplication virale, dans tous