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ariant Omicron : ce que l’on sait de l’activité neu-

Vtralisante des anticorps, du risque de réinfection

et de l’efficacité des vaccins

Initialement détecté au Botswana et en Afrique du Sud, le
variant Omicron (B.1.1.529) est le cinquième variant préoccupant
depuis le début de la pandémie Covid-19 due au SARS-CoV-2*.
C’est également celui qui inquiète le plus les virologistes, immu-
nologistes et épidémiologistes. En effet, plusieurs études in vitro
indiquent que les nombreuses mutations présentes dans la protéine
spike du coronavirus ont pour conséquence de réduire la capacité de
neutralisation des anticorps dirigés contre ce nouveau variant.

Ces travaux s’ajoutent à des données issues du programme nation-
al sud-africain de surveillance épidémiologique qui rapportaient
un risque accru de réinfection associé à ce nouveau variant. Cette Illustration d’une particule virale de SARS-CoV-2 entourée d’anticorps © Im-
étude, qui consistait en une analyse rétrospective des données épidé- perial College London
miologiques, suggérait qu’Omicron possède une capacité accrue à
entraîner une réinfection chez des individus préalablement infectés. été multiplié par cinq entre le 20 novembre et le 5 décembre 2021.
En d’autres termes, les auteurs estimaient que le variant Omicron
L’Agence britannique de sécurité sanitaire (UK Health Security
est capable d’échappement immunitaire, ce que confirment donc de
Agency, UKHSA) estimait, au vu des taux de détection de SGTF,
nouveaux résultats obtenus en laboratoire par des équipes basées
qu’environ 1,6 % de tous les cas de Covid-19 détectés sur les prélève-
en Afrique du Sud, en Suède, en Allemagne, au Royaume-Uni, en
ments réalisés le 3 décembre étaient très probablement dus au variant
Autriche et aux États-Unis.
Omicron. Par ailleurs, au Royaume-Uni, le temps de doublement des
Deux groupes d’Omicron cas dus à Omicron est estimé à 2,5 jours.

Il s’avère par ailleurs que l’analyse phylogénétique montre que la
Un avantage de transmissibilité par rapport à Delta
population du variant Omicron est composée en réalité de deux
groupes. Le groupe majoritaire (BA.1) comporte les mutations car- Au Royaume-Uni, les données épidémiologiques obtenues dans le
actéristiques de ce nouveau variant. Existe également un groupe cadre familial et auprès de sujets contacts d’un cas index infecté par
minoritaire (BA.2) qui partage des mutations avec Omicron mais Omicron montrent un taux de transmission plus élevé qu’en cas d’in-
aussi quelques différences, notamment l’absence de la délétion en fection par le variant Delta. Les taux d’attaque secondaire seraient
position 69-70 dans la protéine spike (qui a comme conséquence donc supérieurs, même s’il convient à ce stade d’être prudent dans la
une absence de détection du gène S (S gene target failure ou SGTF) mesure où la recherche des cas contacts est sans doute plus poussée
aux tests PCR couramment utilisés. Le groupe BA.2, dont peu de autour des cas d’infection par ce nouveau variant. Il est à noter que
séquences génomiques sont disponibles, n’a pas encore été observé ces études préliminaires n’ont pas intégré certains paramètres impor-
au Royaume-Uni. Dans ce pays, le taux de détection de SGTF, en tants. En effet, les résultats n’ont pas été ajustés en fonction du statut
tant que marqueur indirect (proxy) du variant Omicron, a quasiment vaccinal ou de l’existence d’infection antérieure par le SARS-CoV-2.